雖然我國推廣合同能源管理模式已初見成效，節能服務公司數量快速增長，項目投資總額不斷加大，各項政策優惠措施得到逐步落實，但節能服務產業的發展仍然處于初級階段，進一步發展還有諸多不利的環境和障礙需要克服，發展仍然面臨著一系列問題，主要表現在以下幾個方面：

　　（一）原有納稅負擔過重，稅收優惠政策出臺后尚未落到實處

 
　　在稅收優惠政策實施前，在現行的我國稅收制度下，基于市場運作的EMC公司為客戶提供優質的服務，其中也包括通過面向全社會的采購為客戶優選節能設備。然而我國的稅務部門總是把EMC看作是一般的節能設備銷售商，把EMC公司與客戶的節能服務合同看成設備購銷合同，把EMC的服務費視同一般節能設備銷售商的加價，納入增值稅的規范，也就是說，把本應該是服務稅的部分變成了增值稅；與此同時，EMC公司的收益來自于節能效益分享，由于稅務部門把EMC的服務看作簡單的設備銷售，因此把節能效益分享看成了設備銷售的分期付款。根據我國的稅收制度的權責發生制，在EMC公司把節能設備安裝到客戶后就被認定為設備銷售已經實現，這樣，在EMC為客戶實施節能項目后還只剛剛開始分享節能效益時，就被認定應立即按合同全額上繳企業所得稅。

　　盡管2010年12月30日《財政部、國家稅務總局關于促進節能服務產業發展增值稅 營業稅和企業所得稅政策問題的通知》（財稅[2010]110號）出臺，自2011年1月1日起執行稅收優惠政策，但由于是新生事物，各地尚未出臺具體操作細則，可操作性差，稅收優惠的政策沒有落到實處，真正享受到稅收優惠政策的企業少之又少，沒有起動應有的推動作用。

　　（二）目前的信譽環境不利于EMC公司的發展

　　由于目前我國企業的信譽環境尚待改進，無論是EMC公司還是耗能企業（EMC的客戶），都存在這個問題。企業懷疑EMC公司的承諾是否是真的；EMC公司懷疑客戶能否真正按合同分享節能效益。

　　（三）在現行的政府機構財務管理制度下，EMC公司難于為政府機構實施節能項目

　　1992年美國兩院議會通過議案要求政府機構與EMC公司合作，以合同能源管理模式實施政府樓宇的節能改造，從而達到既不需要增加政府預算，又取得政府機構帶頭節能的效果。

　　在這個法案中，允許政府機構在不增加能源費用的前提下，把合同能源管理項目所節約的能源費用與EMC公司分享；同年加拿大政府也通過實施“聯邦政府建筑物節能促進計劃”（簡稱FBI），以合同能源管理模式推動政府機構的節能。然而，在我國現行的政府機構財務管理制度下，EMC公司不可能與政府機構分享節能效益，除非政府財政系統作出適當的決定，允許政府機構在不增加能源費用的前提下與EMC公司分享節能效益，或允許節能改造費用視同能源費用列入政府機構的預算和采購。此外，政府機構節能效益沒有建立獎勵制度，物業管理人員沒有任何積極性。