三是區劃批復及調整。市、縣兩級流域區域內、區域間水環境功能區劃分批復及調整要報經省級政府批準；省域、省域間水環境功能區劃分批復及調整要報經中央政府批準。

　　確定流域主體功能區定位

　　要突破行政單元界限，依據流域所在區域資源稟賦、經濟社會發展狀況及預期，以實現區域內、區域間經濟發展和環境保護相協調為目標確定。主體功能區一旦確定，就明確了特定區域如重點開發、限制開發、優化開發、禁止開發等功能定位，進而明確了特定區域產業結構、布局調整和發展方向。主體功能區確定可從源頭上減免跨界環境糾紛的發生。主體功能區確定由上到下、從大到小進行，以解決跨界流域功能區定位不一致問題。

　　去年6月，國務院常務會審議并原則通過全國主體功能區規劃，建議各地在國家規劃的指導下，盡快編制本轄區主體功能區規劃，為流域產業結構布局設置、調整提供剛性約束，為減免、協調處置跨界環境糾紛提供依據。市、縣兩級區域內、區域間主體功能區批復及調整要報經省級政府批準；省域、省域間主體功能區批復及調整要報經中央政府批準。此項工作可由發改部門會同本級相關部門及跨界相鄰下一級政府提出確定方案。跨省界的確定方案由國家發改委報中央政府批準；跨市界的劃定方案由省級發改委報省級政府批準；跨縣界的劃定方案由省級發改委審核后，由市級政府報省級政府批準。

　　明確跨行政區域環境糾紛事件協調主體

　　跨行政區域環境糾紛事件原則上由跨區域行政單元共同的上一級政府進行協調。也可根據實際情況，由相鄰行政單元政府通過建立相關機制進行協調。

　　由共同上一級政府協調時，首先要明確協調主體和目標。跨界環境污染糾紛可由上一級環保部門會同有關部門代表上一級政府進行協調，也可由上一級林業或國土等部門會同有關部門代表上一級政府進行協調。協調工作目標是通過協調解決跨界環境問題，促進跨界流域實現產業結構、布局符合流域主體功能區定位，跨界斷面水環境質量滿足環境功能區達標要求。

　　其次，要明確協調原則。一是地方人民政府負責原則。地方人民政府對所轄區域環境質量負責。任何跨界流域現存及突發環境污染、生態破壞糾紛均可歸結為跨界相關地方政府未依法履行好對轄區環境質量負責的法律要求。

　　二是符合主體功能區定位和環境質量達標原則。流域產業結構和布局不符合主體功能區定位、排污總量超出環境質量達標要求是跨界環境問題的直接原因。

　　三是主體功能區定位原則。要統籌分析可能引發跨界環境糾紛的的不合理產業結構、布局問題。
　　四是環境質量達標原則。要在分析跨界流域水環境功能區標準分類、評價因子等基礎上，對照跨界斷面水環境質量達標情況，確定相關責任主體污染物排放量是否超出環境容量，進而影響流域系統的穩定性。