目前在火鍋店里出現的有骨頭濃湯底料、魚湯底料、仔雞湯底料等。骨頭濃湯火鍋底料濃香，有助于缺鈣人群，營養成分高；魚湯底料，魚，明目作用，魚湯有滋補作用；這些底料在這些食品的生產、保存、運輸和銷售過程中極易污染變質，從而失去商業價值。雖然國家食品衛生法對各類食品的衛生指標都作了嚴格規定，但在一般情況下，是很難符合標準的。這不僅大大影響了商品的貨架期，而且對保障人民身體健康也是極為不利的。

而微波殺蟲滅菌是使食品中的蟲菌等微生物，同時受到微波熱效應與非熱效應的共同作用，使其體內蛋白質和生理活動物質發生變異，而導致微生物體生長發育延緩和死亡，達到食品殺蟲、滅菌、保鮮的目的。

火鍋底料微波殺菌原理：微波殺菌是微波加熱技術功能的延伸，表現為微波與生物體及其組成的基本單元——細胞之間相互作用后，生物體的細胞生理活動變化和反應，與巴氏加熱殺菌法比較，微波殺菌有以下顯著特點：

A、微波殺菌是一種物理殺菌方法，它不需要添加化學防腐劑就能夠殺滅細菌、霉菌和蟲卵，以及病毒等有害人體的微生物，它在殺滅有害微生物過程中，不會對食品殘留毒性或放射性物質的污染，安全無害。也不會改變食品的色香味和營養成分。

B、在同樣殺菌溫度下，所需殺菌時間短，不需要預熱。如大腸桿菌殺滅時間約30S。在相同殺菌條件下，菌致死的溫度比較低，且殺菌效果極為顯著。

C、能同時對被殺菌物料表里實施整體殺菌，極大地縮短殺菌周期，并保證殺菌一致性。D、由于物料各部位殺菌的同時性，殺菌時間短，能避免因長時間的加熱影響食品品質，特別是對不宜在較高溫度或較長加熱時間情況下進行殺菌的食品。例如：易揮發香辛成分的姜粉、含水分較多的鮮嫩海蟄等。對于既要保持色澤、香味和口感不變等質量要求又需殺菌的物料，使用微波殺菌可取得最佳效果。

E、微波殺菌可分為包裝后殺菌和包裝前殺菌。包裝容器不能用金屬質地的，需用介質材料，一般用塑料軟包裝或玻璃，工程塑料質地容器為宜。為防止在微波殺菌過程中漲袋，設備可在工作倉內施加壓力采用反壓殺菌工藝，可防止漲袋損失。