農村小流域作為農村水利的一個重要組成部分，既是農村行洪排澇的重要設施，又是農田的重要灌溉水源。近些年來，隨著農村生活水平提高，農業經濟發展，農村污染源不斷增多，排污量逐年增長，農村小流域水污染日益嚴重。農村小流域水生態保護，不僅關系到農村的生活環境，也關系到水資源的可持續開發利用。因此，推進農村小流域水污染治理是一項迫在眉睫的重要任務。

加強農村宣傳教育工作，提高農民生態環保意識。大部分農村地區教育比較落后，許多農民對生態、環境保護一知半解甚至一無所知。為此，應該通過農民喜聞樂見的形式，積極宣傳環保知識，讓農民意識到農村小流域水環境生態保護的重要性，以及水環境惡化給生活帶來的嚴重后果和危害，樹立起生態環保意識，增強對農村小流域水環境惡化的危機感，改變現有的行為習慣，保護農村小流域水資源安全。

積極推動農村環保基礎設施建設。政府應當高度重視農村環保事業的發展，加大對農村環保基礎設施建設和運營的財政投入力度。要健全農村污水處理管網，實現雨污分流，實施有效的污水集中處理，從根本上保護農村小流域水環境；對于城鄉交接處，現階段可利用工業區、城市污水處理設施，加快污水管網的連接；對于現階段無連接污水處理管網條件的農村，可對其進行連片整治規劃，通過建設沉淀池、在渠道沿途設置污水處理點等措施加強污水處理。

有效控制農村小流域污染物。加大農村生活垃圾處理力度，通過分區域設立垃圾箱、建立垃圾集中池、設立垃圾中轉站和建設垃圾處理場等，實現農村生活垃圾的無害化集中處理，減少生活垃圾對河流的污染；推進農村沼氣池工程建設，既可以解決人畜糞便污染河流的問題，還可以集約資源變廢為寶；加快發展生態農業，變以往粗放型的農業生產方式為依靠科技提高農業生產率的精密型生態農業生產，從根源上遏制農業面源污染。

建立健全農村小流域長效管理機制。建立科學的長效管理機制是推進農村小流域水污染治理的關鍵所在。積極推行“河長制”，建立縣級、鄉鎮級、村級河長體系，明確各級河長在農村小流域水環境保護中的管理職責。與此同時，要按照目標責任制的要求嚴格考核，考核結果納入生態建設工作年度考核，作為對領導干部綜合考核評價的重要依據。此外，要注意建立健全各部門的聯合協作機制，利用各部門的分工協作，全方位保障農村小流域水環境生態保護工作的順利開展。