由于電子制造廠、電鍍廠、皮革及紡織車間林立，珠三角土壤是全國污染最嚴重的地區之一。專家介紹廣東數十年的工業繁榮過后，砷、鎘、銅和汞等制造業用重金屬的擴散成為一個地區性問題，涉及很大一片區域。東莞環保介紹根據檢測結果，在東莞、從化、番禺等9個蔬菜種植中心區域，大約10%至20%的蔬菜重金屬含量高于國家安全標準允許的水平。一些蔬菜中還發現了鉛、鉻、鋅和鎳的蹤跡。這些金屬元素在人體內日積月累，會引起器官及神經損傷，甚至引發癌癥。
專家表示，珠三角的佛山、東莞、惠州、中山等市工業異常發達，而超標最嚴重的汞元素主要來源便是工業生產，特別是由燒堿、汞化物的制作過程中大量廢水污物排放造成的，這些污染物未得到有效處理即被排向河流，造成農田灌溉污染。
除了工業污染，農業生產中的面源污染也是導致土壤重金屬污染的重要原因。農業生產中對氮肥和磷肥的過量使用，使土壤酸性快速上升，土壤酸化造成了重金屬的活性提高。據廣東省農業部門的調查顯示，從1984年到現在，珠三角地區土壤的PH值下降了0.33個單位，就這個下降幅度而言，人為的因素使酸化速度比自然酸化的時間加快了將近70年。
在長三角、珠三角、西南、中南、遼中南等地區，選擇被污染地塊集中分布的典型區域，實施土壤污染綜合治理；有關地方要在2013年年底前完成綜合治理方案的編制工作并開始實施。
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