臭氧是無毒物質安全氣體，談到它的毒性主要是其強氧化能力，在濃度高于1.5ppm以上時，人員須離開現場，原因是臭氧刺激人的呼吸系統，造成呼吸系統的應激性反應，嚴重的會造成可逆性傷害，為此，國際臭氧協會（IOA）制定衛生標準：國際臭氧協會：0.1ppm，接觸10小時；美國：0.1ppm，接觸8小時；中國：0.15ppm，接觸8小時，臭氧濃度在0.02ppm時，嗅覺靈敏的人便可覺察，稱為感覺臨界值，濃度在0.15ppm時為嗅覺臨界值，一般人都能嗅出，也是衛生標準點。當濃度達到1～10ppm時，稱為刺激范圍。事實上安全使用臭氧完全可以保證人的健康不受危害。臭氧應用一百多年來，至今世界上無一例因臭氧中毒死亡事故發生。

    在具體使用中，臭氧消毒過程應與人員隔離，一般的臭氧發生裝置都是自動控制的，只要設定好相關參數，即可以實現無人職守，這與化學消毒劑噴霧消毒需要專門培訓過的人員現場操作相比，對人員的身體健康更有保證。

    臭氧具有很強的氧化性，臭氧可以氧化很多金屬，鋁、鋅、鉛與臭氧接觸會產生氧化腐蝕，但含25%Cr的鉻鐵合金（不銹鋼）基本上不會受臭氧腐蝕。

    臭氧對普通橡膠腐蝕作用最大，所以在應用中應使用耐腐蝕的硅橡膠或添加耐腐劑的橡膠制品。

    氧臭氧發生一般采用高壓電源供電，所以在有導電氣體或含烴類介質存在的環境中應杜絕使用，使用人員須按操作規程安全執行。